В колониальный период на территории Индонезии использовался нидерландско-индийский гульден (Netherlands Indies gulden). После провозглашения независимости в 1945 году денежная система формировалась постепенно и в условиях параллельного обращения нескольких валют.

В 1946 году была введена национальная валюта — индонезийская рупия.
Она заменяла нидерландско-индийский гульден и японские оккупационные деньги; базовое соотношение при замене гульдена составляло:
1 рупия = 1 гульден
(на практике применялись разные курсы в зависимости от региона и периода).

В 1950-е и начале 1960-х годов экономика страны испытывала хроническую инфляцию. Рупия быстро обесценивалась, в обращении появлялись банкноты крупных номиналов.

В 1965 году проведена денежная реформа (деноминация):
1 новая рупия = 1 000 старых рупий.
После реформы был установлен новый масштаб цен и начат выпуск банкнот обновлённого образца.

В последующие десятилетия индонезийская рупия вновь постепенно обесценивалась, однако формальных деноминаций с изменением масштаба цен после 1965 года не проводилось. Разменная монета используется ограниченно, основное обращение приходится на банкноты крупных номиналов.

Индонезийская рупия делится на 100 сенов (в реальном обращении практически не используются) и остаётся официальной денежной единицей страны по настоящее время.